菲律宾境内野生植物有近万种，其中高等植物有2500余种。主要有松柏、竹子、龙脑香、红树、松树等。在20世纪90年代初期，菲律宾有570万公顷的森林面积，其中龙脑香为380万公顷，占森林面积的66.6%；苔藓树林为110万公顷，占森林面积的19.3%；亚树种树林为50万公顷，占森林面积的约8.8%；松树为20万公顷，占森林面积的约3.5%；红树属树林为10万公顷，占森林面积的约1.7%。

菲律宾境内野生动物以哺乳类为主，多达200种，大部分为翼手目与食虫目；鸟类约有750多种。主要有野水牛、眼镜猴、鼠鹿、刺猬、老鼠、食猴鹰等。