印尼富含石油、天然气以及煤、锡、铝矾土、镍、铜、金、银等矿产资源。矿业在印尼经济中占有重要地位，产值占GDP的10%左右。据印尼官方统计，印尼石油储量约97亿桶（13.1亿吨），天然气储量4.8万亿～5.1万亿立方米，煤炭已探明储量193亿吨，潜在储量可达900亿吨以上。印尼是全球最大动力煤出口国，2020年的出口量约达4亿吨。

印尼是世界上生物资源最丰富的国家之一。据不完全统计，印尼约有40000多种植物，其中药用植物最为丰富。印尼全国的森林面积为1.2亿公顷，其中永久林区1.12亿公顷，可转换林区810万公顷。印尼的森林覆盖率为67.8%。印尼盛产各种热带名贵的树种，如铁木、檀木、乌木和袖木等均驰名世界。印尼海域广阔，且有一个适合各种鱼类生长的热带气候。印尼的渔资源极为丰富，苏门答腊岛东岸的巴干西亚比亚是世界著名的大渔场。